多式联运在物流领域有其优势，但也存在一些明显缺点。首先是价格方面，多式联运涉及多种运输方式，不同运输环节的成本难以精准把控。比如铁路运输、公路运输、海运、空运等不同运输方式的运价体系不同，多种运输方式组合时，各环节的费用累加可能导致整体价格偏高。而且不同运输方式的成本受市场供需、燃油价格等多种因素影响，增加了价格波动的不确定性，对于一些对成本敏感的货物运输来说，这可能会成为选择多式联运的阻碍。

其次是流程复杂的问题。多式联运需要协调多种运输工具和环节，从货物的起运到最终到达，涉及多个运输主体的衔接。例如，货物需要从发货地通过公路运输到港口，然后装船海运，到达目的港后再通过公路运输配送至最终目的地，在这个过程中，任何一个环节出现延误或衔接不畅都会影响整个运输流程。不同运输方式的操作规范、单证要求等各不相同，需要货主准备大量不同的文件资料，增加了操作难度和时间成本，一旦某个环节的单证出现问题，就可能导致整个流程受阻。

再者是资料方面的繁琐。多式联运需要提供多种运输方式相关的资料，比如海运需要提单、装箱单等，公路运输需要运单等，不同运输方式的资料格式和要求不同，货主需要仔细准备各类文件，稍有遗漏或错误就可能影响运输进程。而且不同国家和地区对于运输资料的要求存在差异，国际多式联运时，还需要考虑海关等部门的相关文件，如报关单等，资料的准备和审核过程较为复杂，增加了货主的工作负担，也可能因为资料问题导致货物在通关等环节延误。

此外，多式联运在责任划分上也相对复杂。由于涉及多种运输方式，不同运输阶段的责任主体不同，当货物出现损坏、丢失等情况时，确定责任方较为困难。不同运输方式的责任界定标准有别，需要依据多式联运合同等相关约定来划分责任，这增加了纠纷解决的难度和成本，给货主和相关方带来了不必要的麻烦。

总的来说，多式联运虽然具有整合运输资源等优势，但在价格、流程、资料以及责任划分等方面存在的缺点也不容忽视，在实际应用中需要综合权衡利弊，采取相应措施来尽量克服这些不足，以更好地发挥多式联运的作用。