多式联运在物流领域有其优势，但也存在一些明显缺点。首先是价格方面，多式联运涉及多种运输方式的组合，不同运输环节的成本累加较为显著。比如，海运、陆运、空运等不同运输方式的运价体系不同，还需考虑不同运输工具的装卸、仓储等附加费用，这使得多式联运的整体价格往往高于单一运输方式。多种运输方式的成本叠加可能导致托运人承担较高的物流成本，尤其是对于一些对价格敏感的货物运输来说，较高的价格会限制其应用场景。

其次是流程复杂。多式联运需要协调多个运输环节和不同的运输主体。以海运与陆运联运为例，需要协调海运公司、港口、陆运车队、海关等多个主体。在运输过程中，不同运输方式的衔接点多，如从海运到陆运的转关、换装等环节，任何一个环节出现延误或操作失误，都会影响整个运输流程的顺畅性。例如，海运船舶晚点可能导致后续陆运车辆的衔接出现问题，进而造成货物交付延迟，增加物流风险和管理难度。

再者是资料要求繁琐。多式联运需要准备多种运输方式对应的各类资料。比如，海运需要提供海运提单、货物报关单等，陆运需要陆运运单、公路运输的相关许可证等，空运则需要空运运单、航空货物运输申报单等。托运人需要确保各类资料准确无误且符合不同运输方式的要求，资料准备过程复杂，稍有疏漏就可能导致运输受阻。例如，报关资料填写错误可能引发海关查验延误，影响货物的通关和运输进度。此外，不同运输方式对货物包装、标识等也有不同要求，进一步增加了资料准备和操作的难度。